2005 qualifizierte sich Thun mit Siegen gegen Dynamo Kiew und Malmö FF für die UEFA Champions League und sorgte damit für eine riesige Überraschung und den grössten Erfolg der Clubgeschichte. Dies wurde mit einem schmalen Kader und einem Budget von fünf Millionen Franken erreicht.
In der Gruppe mit Arsenal London, Ajax Amsterdam und Sparta Prag erreichte der FC Thun den 3. Platz und war somit für die K.O.-Runde des UEFA-Pokals im Frühjahr 2006 qualifiziert. Dort schieden sie gegen den Hamburger SV aus.
Die Thuner trugen alle Spiele der Champions League, der Qualifikation und des Uefa-Cups im STADE DE SUISSE aus.
Champions League Qualifikation, 2. Runde, 03.08.2005
Thun - Dynamo Kiew 1:0.
STADE DE SUISSE - 25'200 Zuschauer.
Tor: 90. Bernardi 1:0.
Champions League Qualifikation, 3. Runde, 23.08.2005
Thun - Malmö 3:0.
STADE DE SUISSE - 31'243 Zuschauer.
Tore: 34. Bernardi 1:0, 40. Lustrinelli 2:0, 60. Lustrinelli 3:0.
Champions League Gruppenphase, 27.09.2005
Thun - Sparta Prag 1:0.
STADE DE SUISSE - 25'200 Zuschauer.
Tor: 89. Hodzic 1:0.
Champions League Gruppenphase, 02.11.2005
Thun - Ajax Amsterdam 2:4.
STADE DE SUISSE - 30'190 Zuschauer.
Tore: 27. Snejider 0:1, 56. Lustrinelli 1:1, 63. Anastasiou 1:2, 74. Adriano 2:2, 90. De Jong 2:3, 93. Boukhari 2:4.
Champions League Gruppenphase, 22.11.2005
Thun - Arsenal 0:1.
STADE DE SUISSE - 31'000 Zuschauer.
Tor: 90. Pires 0:1.
Uefa-Cup, 1/32-Final, 16.02.2006
Thun - Hamburger SV 1:0.
STADE DE SUISSE - 18'354 Zuschauer.
Tor: 30. Adriano 1:0.
